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L'Equipe Dépollution Biologique des Sols de L'Université de Haute-Alsace propose deux stages rémunérés de fin d'études d'ingénieur ou de Master 2 (descriptifs ci-dessous). Ces stages sont à pourvoir dès février 2008.
SUJET 1 :
Université de Haute-AlsaceEquipe Dépollution Biologique des Sols33, rue de Herrlisheim68000 COLMAR cedex Université Louis PasteurLaboratoire Génétique Moléculaire, Génomique et microbiologie, UMR 715628, rue Goethe67083 STRASBOURG cedex

Proposition de stage (4-5 mois)
(À pourvoir à partir de février 2007)

Sujet
Mise au point d’une méthode pour la sélection de souches aptes à dégrader des familles chimiques de pesticides

Description générale du sujet
Certaines pratiques agricoles peuvent (ont pu) conduire à l’accumulation de produits phytosanitaires dans les sols. Dans certaines conditions, ceux-ci peuvent être fortement absorbés puis accumulés dans les sols et dans les sédiments. Le risque de contamination des sols d’une part et des eaux par relargage d’autre part n’est par conséquent pas négligeable. La dépollution des sols agricoles peut alors s’avérer nécessaire. La
bioaugmentation est une technique de bioremédiation en pleine émergence mais le traitement est lent et peut être parfois incomplet.
Le travail de recherche vise à accélérer et à améliorer la biodégradation de classes de produits phytosanitaires présents dans les sols agricoles,
grâce à l’inoculation des sols (technique de bioaugmentation) par des microorganismes capables de dégrader ces produits, les rendant ainsi moins dangereux pour l’environnement.
Déroulement du stage
- Mise au point de tests rapides permettant de caractériser la déchloration (organo chlorés) ou la déphosphonatation (organophosphonates) de produits phytosanitaires.
- Sélection d’un consortium microbien (test en solution de souches connues pour dégrader l’un des polluants étudiés) en vue de la minéralisation de classes de produits phytosanitaires. Caractérisation par HPLC de la dégradation
- Test du consortium en solution et optimisation de la dégradation par co-immobilisation avec suivi de la minéralisation

Formation et compétences
ingénieur master 1 ou 2 (recherche ou pro) - connaissances en microbiologie générale, chimie générale et analytique Indemnité de stage
Environ 300€/mois
Contacts
Thierry Lebeau, (03.89.20.31.35. - thierry.lebeau@.uha.fr
Stéphane Vuilleumier, (03.90.24.20.22. - stephane.vuilleumier@gem.u-strasbg.fr



SUJET 2 :

Université de Haute-Alsace
Equipe Dépollution Biologique des Sols
Antenne de Colmar
33, rue de Herrlisheim
68000 COLMAR cedex

Proposition de stage (4-6 mois) (à pourvoir à partir de février 2008)

Sujet :
Procédé associant bioremédiation et phytoremédiation pour l’extraction du Cu accumulé dans des sédiments viticoles : rôle des microorganismes dans la spéciation du cuivre

Description générale du sujet
Certaines pratiques agricoles peuvent (ont pu) conduire à l’accumulation de produits phytosanitaires dans les sols. Le ruissellement des eaux de pluie à la surface des parcelles viticoles érode les sols et conduit à l’accumulation de sédiments dans les bassins d’orage.
La dépollution des sédiments peut alors s’avérer nécessaire. La phytoremédiation (phytoextraction) est une technique de bioremédiation en
pleine émergence mais le traitement est lent. Le travail de recherche vise à accélérer la dégradation d’herbicides et la solubilisation de polluants inorganiques prélevés par des plantes métallophytes qui colonisent les bassins d’orage. Pour cela, des microorganismes capables de solubiliser les métaux, sont inoculés (technique de bioaugmentation), les métaux étant ensuite absorbés par des plantes métallophytes.

Déroulement du stage
- Etude de l’impact de la bioaugmentation par un consortium microbien sur la phytodisponibilité du cuivre (étude de spéciation) dans le sédiment
- Mesure de différents paramètres physico-chimiques (Eh, pH, etc.)
- Suivi de la colonisation microbienne dans le sédiment

Formation et compétences
ingénieur agri/agro, master 1 ou 2 (recherche ou pro) - connaissances en microbiologie générale, science du sol, bioremédiation, chimie minérale

Indemnité de stage
Environ 300€/mois

Contacts
Karine Jézéquel, (03.89.20.31.37. – karine.jézéquel@uha.fr
Thierry Lebeau, responsable d’équipe, (03.89.20.31.35. -
thierry.lebeau@.uha.fr

URGENT
Recherche technicien pour un CDD de 4 mois dans l'équipe BiosCiences (Institut des Sciences Moléculaires de Marseille - ISM2), dans le cadre d'un contrat avec un industriel.
Démarrage dès que possible. Salaire mensuel : 1500-1550 euros brut.

Techniques utilisées :
- Préparation d'ADN à partir de milieu complexe
- Hybridation ADN/ADN
- PCR
- Culture microbiologique anaérobie

Contact : Pr. Michel FONS
Equipe BiosCiences – service 342
ISM2 UMR CNRS 6263
Université Paul Cézanne Aix-Marseille III
Faculté St Jérôme
Avenue Escadrille Normandie-Niemen
13397 MARSEILLE Cedex 20
Tel : 04 91 28 82 54
Fax : 04 91 28 84 40
e-mail : michel.fons@univ-cezanne.fr
site web : http://www.biosciences.univ-cezanne.fr/Site/Home.html

Formation par la Recherche
ADEME Thèses Projet
Appel à candidatures 2008
Ouvert du 1er janvier au 31 mars
Présentation du programme
L’ADEME soutient des travaux de recherche technologique au sens où ils contribuent à éclairer ou à
proposer des réponses aux problèmes soulevés par les interactions entre les activités humaines et
l’environnement : procédés et sources de pollutions, devenir et impacts des émissions polluantes...
Au-delà des projets centrés sur les procédés ou les produits, ceci couvre les aspects organisationnels,
la modélisation, les analyses prospectives, les déterminants de la demande… relevant généralement
des disciplines économiques, sociologiques, juridiques et médicales.
Elément essentiel de cette activité, le programme Formation par la Recherche de l’ ADEME entend
renforcer les capacités de recherche au plan national dans les domaines d’intervention de l’ADEME.
Depuis 1992, plus de 1200 étudiants ont bénéficié de ce programme pour ensuite s’insérer
professionnellement en tant que chercheur dans les établissements publics, dans les entreprises, dans
les métiers de service, voire pour créer leur propre entreprise.
L’ADEME ne définit pas de sujets de thèse. L’édition 2008 de l’appel à candidatures s’inscrit dans le
cadre du contrat d’objectif 2007 / 2010 de l’ADEME. Les orientations stratégiques de recherche sur
cette même période précisent les enjeux et le positionnement de l’agence au plan national et définit
une liste de 10 programmes principaux. Ses domaines d’intervention, sa programmation thématique et
ses priorités sont précisés ci-après, et détaillés en annexe 1. Un contact avec les experts par domaine
d’intervention (cf. liste en annexe 2) peut permettre de vérifier la pertinence d’un sujet au regard des
états de l’art et des priorités du moment.
Chaque année, l’appel à candidatures vise à sélectionner 80 nouveaux doctorants sur la base en
moyenne de 220 candidatures. Chaque projet de thèse associe un candidat, un laboratoire public
d’accueil et, généralement, un partenaire co-financeur. Les attentes de l’ADEME en terme de montage
du projet sont précisées ci-après. Des thèses s’inscrivant en contribution à un pôle de compétitivité
sont attendues, en particulier si elles bénéficient d’un cofinancement régional. L’ADEME est
l’employeur des doctorants, ceux-ci étant accueillis par un laboratoire public de recherche dans un
cadre contractuel.
ADEME - Cellule Thèses p. 2
Repères thématiques
L'ADEME ne définit pas explicitement de sujets de thèse mais évalue et sélectionne les
propositions faites relativement à ses domaines d’intervention, à sa programmation de la
recherche, à ses champs d’expertise (cf. liste des contacts).
Il s’agit d’apporter des réponses à des enjeux majeurs, à savoir :

Le changement climatique et la déplétion des réserves fossiles

Les ressources naturelles et la gestion des déchets

Les technologies de traitement innovantes et l’éco-efficacité des procédés industriels

Les flux polluants et la maîtrise des risques et des impacts
L’action générale de l’ADEME s’inscrit dans le cadre des domaines d’intervention suivants :
· la prévention et la lutte contre la pollution de l'air ;
· la limitation de la production de déchets, leur récupération, leur valorisation et leur élimination ;
· la prévention de la pollution des sols ;
· la réalisation d'économies d’énergie et de matières premières ;
· le développement des énergies et matières renouvelables, notamment d’origine végétale ;
· le développement des technologies propres et économes ;
· la lutte contre les nuisances sonores.
Les orientations stratégiques de recherche 2007 / 2010 identifie 10 programmes principaux
(présentation jointe en annexe) :
1. Transports propres et économes
2. Bâtiments économes
3. Captage et stockage du CO²
4. Production d’électricité à partir de sources renouvelables (photovoltaïque…)
5. Bioénergies et bioproduits
6. Réseaux intelligents et stockage de l’énergie
7. Eco-technologies et procédés sobres et propres dans le domaine de l’air, des déchets et des sols
8. Impacts de la pollution de l’air, du bruit, métrologie
9. Impacts des pollutions des sols, évaluation environnementale des déchets et gestion durable des
sols ;
10. Prospective et socio-économie
Pour les projets s’inscrivant complètement dans les priorités de l’agence, le potentiel
d’amélioration des performances, le niveau d’intégration et le caractère systémique des
travaux, le degré d’innovation sont des critères essentiels. Mais l’agence est aussi attentive à
la mise en place de projets plus exploratoires, par exemple visant des problématiques
émergentes ou favorisant le renouvellement des approches et des relations entre acteurs.
Un contact préalable du responsable de la thèse ou du laboratoire d’accueil avec l’ingénieur
ADEME spécialiste du domaine concerné est un atout pour orienter le travail proposé selon
les questions de recherche prioritaires de l’ADEME.
ADEME - Cellule Thèses p. 3
Montage du projet
L’ADEME ne dispose pas de moyens de recherche en propre. Sa mission d’orientation et
d’animation de la recherche impose des relations partenariales au plan du financement des
actions de recherche comme au plan de leur mise en oeuvre.
Les projets de thèse doivent tenir compte de cette logique d’action. L’agence est donc
attentive à ce qu’ils associent un candidat, un laboratoire d’accueil et un partenaire cofinanceur
(plutôt industriel). Cette association sera justifiée eu égard aux travaux envisagés,
aux ressources et aux compétences à mobiliser.
L’inscription auprès d’une école doctorale accréditée sera obligatoire. Elle doit être
discutée et prévue en concertation avec le directeur du laboratoire d’accueil et le directeur de
thèse.
Le candidat doit faire preuve d’une forte motivation pour la recherche. Son cursus doit être
adapté au sujet avec par exemple une formation technologique initiale pour les projets de cette
nature. Les mentions et notes obtenues témoigneront du niveau de ses compétences.
L’étudiant devra être titulaire d'un Master ou d'une équivalence au 1er octobre 2008 (les
candidatures des étudiants en cours de Master sont donc acceptées).
Le laboratoire d’accueil est rattaché à un établissement de recherche public français. Audelà
de ses références sur le sujet proposé, il doit garantir la mise à disposition des moyens
matériels, notamment expérimentaux, et l’encadrement du thésard. Le critère de qualité
académique, eu égard à l’obtention in fine d’un diplôme du plus haut niveau, distingue le
projet de thèse d’une participation aussi essentielle soit-elle à un projet de R&D.
Le partenaire co-financeur, dans le cas d’une entreprise, vise à une pleine prise en compte
des possibilités de valorisation économique des résultats. Dans le cas d’un co-financement par
des collectivités territoriales, notamment des conseils régionaux, la contribution à des enjeux
locaux ou l’inscription de la thèse dans une politique de renforcement des capacités régionales
est un élément clé. Sur ce plan, une attention particulière sera portée aux projets susceptibles
de participer à des pôles de compétitivité.
L’absence de cofinancement doit être expliqué et est réservé à des sujets d’intérêt public,
relevant notamment des sciences pour l’homme et la société.
ADEME - Cellule Thèses p. 4
Candidature
Conditions d’éligibilité du candidat
¨être âgé de moins de 30 ans en première année d’inscription
¨être titulaire d’un Mastère (ou préparation en cours)
¨ ne pas bénéficier d'une autre rémunération (cumul non autorisé)
Candidat non ressortissant de la Union européenne : L'ADEME accepte les candidats ayant
au moins obtenu leur Master en France et maîtrisant parfaitement la langue française, sous
réserve de l'accord du directeur du laboratoire d’accueil français sur leur candidature, de la
présentation de documents attestant la régularité de leur séjour en France et l'obtention d'une
autorisation provisoire de travail à temps complet (à fournir après sélection).
Modalité de dépôt
Toutes les candidatures s’effectuent en ligne dans l’extranet : TheseNetADEME
http://www.thesenet.ademe.fr
La candidature peut être ouverte soit par l’étudiant, soit par un laboratoire (si le candidat n’est
pas encore identifié au moment de l’inscription).
Pour ouvrir une candidature, il suffit à la première connexion de renseigner un nom, un
prénom et un e-mail auquel seront envoyés les identifiant et mot de passe pour la connexion à
l’extranet.
Pour que le dossier soit créé*, il faut au minimum remplir la fiche Sujet (titre, résumé,
descriptif du projet de thèse proposé) et faire le rattachement du laboratoire d’accueil au
dossier (s’assurer de la désignation du Directeur de thèse par le laboratoire).
Il sera possible jusqu’au 31 Mars minuit, de revenir à tout moment sur le dossier pour apporter
toutes les informations nécessaires et complémentaire à la constitution de la candidature.
*Seuls les dossiers contenant ces 2 éléments seront validés automatiquement par le
système au 31 Mars et seront accessibles aux experts pour évaluation.
Eléments contractuels pendant la thèse
¨ Statut du candidat doctorant
- Salarié ADEME : CDD de 2 ans + 1 an. (D’une durée maximale de 3 ans, spécifique pour
une formation, le contrat de 2 ans pourra être renouvelé une fois pour une durée d’une année,
à la condition expresse qu’il n’ait pas été mis fin par l’ADEME au versement de l’allocation
de recherche, sur proposition motivée du directeur de thèse)
- Rémunération brute mensuelle : 1 781,99 € (tarif 2008) pour les 2 premières années,
portée à 1,5 fois le Smic la 3e année (environ 2 000 €).
¨ Contractualisation avec les partenaires
- Convention de collaboration avec les différents partenaires associés (établies d’office pour
les 3 années de thèse) :
- le(s) partenaire(s) cofinanceur(s) pour l’allocation versée au doctorant par l’ADEME,
- le(s) organisme(s) de tutelle du ou des laboratoires d’accueil du doctorant,
- l’ADEME – Agence de l’Environnement et de la Maîtrise de l’Energie.

Nous recherchons toujours un Chercheur en stage
>postdoctoral qui nous a été attribué dans le
>cadre du rapprochement INRA/CIRAD, le projet est
>en ligne à l'adresse suivante :
>
>http://www.inra.fr/les_hommes_et_les_femmes/rejoignez_nous/completer_sa_formation/le_recrutement_de_post_doctorants/campagne_
annuelle_de_recrutement_de_post_doctorants
>
>
>Pour information, le calendrier de la session est le suivant :
>
>- Ouverture des inscriptions : 3 décembre 2007
>- Clôture des inscriptions : *4 février 2008
>*- Réponse aux candidats : mars 2008
>- Prise de fonction : à partir du 1er avril 2008
>
>
>Si vous pouviez nous aider à faire la publicité
>ce serait sympa car nous n'avons aucun retour
>d'un jeune Docteur français après l'appel sur la liste AFES...

La prise de fonction se fait à partir du 1 er Avril mais, surtout, au plus tard, le 1er Juin...

2 sujets microbio :
-un à montpellier "Analyse du génome d'une souche S. cerevisiae œnologique : recherche de corrélations entre variations génétiques, variations d'expression et métaboliques"
-un à Jouy en Josas "Analyses fonctionnelles chez la bactérie Flavobacterium psychrophilum"